每一種藻類有其特定的生長地帶，這主要和其所含色素的種類與含量比例有關，不同的色素所需的光波長亦不同，隨著光質之變化，藻類的分佈亦受影響。一般在較陰暗地區或深海中，藻紅素與藻藍素比葉綠素更能有效地吸收藍、綠光，故只含葉綠素及胡蘿蔔素之綠藻，其棲息地都靠近陸地及水較淺之處。此現象在海邊的垂直分佈上最為明顯，在潮間帶上部多為綠藻，潮間帶中部以褐藻居多，而低潮線附近及深海部份則多為紅藻。
 除了光線之外，底質、地形、溫度、鹽度、濕度、潮汐、海浪波動、風、洋流及污染物等多種因子，均可影響海藻的生長與分佈。有的海藻喜歡浪擊地區，有的只長在平靜海灣，有的耐乾旱可長在飛沫帶，或可忍受每天兩次乾濕變化的潮間帶。其生長亦隨基質而異，如岩礁、珊瑚礁、石塊、貝殼、泥地等，有的種類甚至與其他海洋生物共生。一般而言，海藻多喜歡生長在具有岩礁或珊瑚礁之海岸，尤其有潮池或蝕溝地方，是最理想的採集區。在臺灣，以北部、東北部、恆春半島，還有蘭嶼、綠島、澎湖及小琉球等離島，較容易進行海藻採集與觀察活動。而臺灣的西部海岸多為沙灘，基質易被海浪沖刷流失，不適合海藻生長，東岸則多為斷崖地形，不易採集。
 臺灣的海藻大多是一年生，整個潮間帶海藻相有明顯的季節性變化，主要以冬春二季生長最為茂盛，而在夏秋時，數量與種類明顯地減少，尤其在夏天時，在烈陽高溫下，海藻不易生存，潮間帶大多光禿，只有在較深水域還可看到一些海藻。
由於高溫高鹽的黑潮（暖流）流經臺灣南部，而北海岸則受大陸冷流影響，故臺灣南部與北部的海藻相極為不同，例如北海岸盛產紫菜、頭髮菜及石花菜等溫帶性海藻，而在南部地區則不易發現。反之，在南部地區，以恆春半島、小琉球、蘭嶼及綠島為例，海藻種類則多熱帶性海藻，如松藻、仙掌藻、蕨藻、香蕉菜等。 |
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