生物多樣性是維持生物演化、保護自然生態體系、促進資源永續利用、開拓全人類福祉的基礎。臺灣位居地球上生物歧異度最為豐富之地區∼熱帶西太平洋區（Tropical
Western Pacific Area），而臺灣本身也具有多樣的海洋環境，沿著海岸，可以發現有許多不同的地形景觀，加上氣候、洋流等作用，提供海洋生物不同性質的生育地，每一個地方海藻的形態、數量及組成亦不同。
臺灣目前已知的海藻有526種（Chiang and Wang, 1987; Lewis and Norris, 1987;
Chen, 1991; Huang, 1990, 1991; Wang et al., 1993; Wang and Chiang,
1993, 1994; Yang et al., 1994; 陳啟山，1995; 楊海寧，1995; 張睿昇，1995;
王瑋龍，1996; 黃淑芳，1997, 1998, 2000；Huang, 1991, 1999a, 1999b, 1999c），其中包括綠藻17科36屬112種，褐藻有90科25屬85種，紅藻有38科114屬262種，藍綠藻有4科4屬6種。
以單位面積的種數而言，臺灣海藻的密度並不高，但從演化歧異度來比較，太平洋區系的海藻約有210科，臺灣即佔有149科（約佔太平洋70%），顯示臺灣海藻並非集中於少數幾個分類群，而是屬於全面性的。另從海藻的世界地理分佈來探究，亦顯示臺灣海藻呈現相當高的生物多樣性，兼具有溫帶型及熱帶型種類。
事實上，臺灣海藻過去研究多侷限於潮間帶之調查，對某些較深海域、或難以到達、或觀察不易之區域、或微細性或附生性種類、或不易用肉眼觀察區分者，則大多被忽視，故每年不斷有新記錄或新種海藻被發現，未來若能加速集中於分類之研究，則未來臺灣海藻的種類增加至1000種以上，是不會令人驚訝的。
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