為建置臺灣博物館系統，本館在文建會、文建會中部辦公室以及後續之文化資產總管理處的指導與協助下，延請各領域的學者專家，進行了一系列針對古蹟建築歷史背景之調查研究與再利用規劃，並對古蹟未來活化再利用為博物館時，其展示架構及展示資源的調查與規劃，以及針對古蹟建築本體之結構檢測、蟲蟻防治等，乃至於古蹟周邊都市環境現況改善的規劃設計工作，更舉辦多場學術研討會。 本館將專案報告書重新集結彙編，將前述研究成果提供給各界參考。首先在2009年6月出版了「臺博系統調查研究叢書」1至9冊，2010年度再度出版11冊。
