「臺灣博物館系統計畫」自2005年起在行政院的支持下,由文化部、交通部、財政部及台北市政府等跨單位合作,由本館統籌規劃執行,以臺北舊城區內外的國定古蹟「臺灣總督府博物館」、「臺灣總督府專賣局南門工場」、「臺灣總督府交通局鐵道部」,以及臺北市定古蹟「勸業銀行舊廈」等共四處古蹟,進行修復再利用,建置成為自然史、產業史及現代史等專業博物館展示空間。本計畫已陸續完成古蹟調查研究、規劃設計,部分古蹟已竣工、完成展覽設置並開放參觀。本計畫將原本閒置的古蹟建築公共化,發揮首都交通核心區的博物館群聚效應,逐步提升國家的整理文化意象。