Những năm gần đây, về phương diện lưu trữ, Bảo tàng Quốc gia Đài Loan rất tích cực thúc đẩy công tác “Gìn giữ bảo tồn văn vật” và “Điện tử hóa”. Năm 2003, Bảo tàng đã xây dựng “Phòng Công tác phục hồi” nhằm tiến hành bảo trì và phục hồi các bảo vật lưu trữ dựa vào phương pháp chuyên nghiệp hiện đại. Ngoài ra, song song với việc tích cực sắp xếp phân loại các tiêu bản (mẫu vật còn bảo tồn nguyên dạng dùng để nghiên cứu), Văn vật thì Bảo tàng cũng dần mở rộng công tác số hóa các tác phẩm lưu trữ. Trước mắt, “Hệ thống thông tin quản lý lưu trữ Bảo tàng Quốc gia Đài Loan” đã được thiết kế với mục tiêu xây dựng một kênh quản lý kho tri thức về lịch sử tự nhiên. Điện tử hóa lưu trữ không chỉ hỗ trợ việc quản lý các tiêu bản đạt hiệu quả cao hơn, giúp cho người nghiên cứu trong và ngoài nước có thể tra cứu thuận tiện hơn, mà còn góp phần giải quyết những vấn đề khiến cho nhiều tác phẩm không có cơ hội trược trưng bày vì không gian triển lãm chưa đủ rộng, thời gian triển lãm quá ngắn vv…
Dưới sự hưởng ứng mạnh mẽ của Bộ Văn hóa, Bảo tàng đã xây dựng “Hệ thống thông tin quản lý lưu trữ Bảo tàng Quốc gia Đài Loan”, bao gồm hai mảng: “Hệ thống thông tin quản lý bảo vật lưu trữ” và “Hệ thống quản lý tri thức bảo tàng điện tử”, nhằm tạo ra một kênh quản lý kho tàng kiến thức về lịch sử tự nhiên dưới hình thức điện tử hóa toàn bộ các nghiên cứu, lưu trữ, giáo dục một cách hoàn thiện cũng như có thể tìm kiếm các thông tin liên quan một cách tiện lợi.