台湾の先住民族は台湾の豊富な文化の特色を語る上で最も代表的で、当館でも最も貴重なコレクションの特色でもあります。7000点以上のコレクションは、20世紀の台湾原住民の文化財を含み、台湾で最初に整った原住民文化財のコレクションであるととともに、更に具体的に台湾原住民の豊かなで多様な伝統文化を反映したものとなっています。
歴史時代に入った台湾は、各エスニック間の交流が依然頻繁に行われ、17世紀からオランダ人、スペイン人、漢民族が前後して台湾に訪れ、彼らが残した歴史の足跡は本館のコレクションを通じて見ることができます。代表的なコレクションは、鄭成功の生前に描かれた「鄭成功絵像」、18世紀初頭の清朝統治時代の台湾の様子を描き出した掛け軸「康熙台湾輿図」、19世紀末の台湾住民の抗日運動のシンボルとなった「台湾民主国旗・藍地黄虎旗」などがあります。