本館自2005年開始推動「臺灣博物館系統」計畫，以臺北舊城區為空間範圍，以古蹟修復再利用為方法，經由跨部會合作，以臺博館本館（國定古蹟臺灣總督府博物館）為核心，將臺北市定古蹟勸業銀行舊廈、國定古蹟專賣局南門工場、國定古蹟臺灣總督府交通局鐵道部共四處古蹟修復後活化為博物館，串聯成為博物館系統，分別賦予各館不同的展示主題：自然史、產業史、現代性等，以展現臺灣豐富的文化內涵，揭露臺灣的現代性意涵，完備首都核心區的都市之間架構，並建構臺灣文化之主體性，也讓大眾得以親近以往無法隨意接近的歷史建築物，達到「空間解嚴」的目標。