103年12月起，臺博館與慈心有機農業發展基金會及林務局合作，每周六於南門館舉辦「田裡有腳印」市集，以「生態永續」與「綠色保育」為主軸，邀請使用友善環境耕作方式之農友展售農產品，此為臺灣第一個訴求讓農業生產與野生動物共存共榮的市集，也是臺博館落實生物多樣性保育的一項創新作為。開辦市集推廣至今，吸引更多農友投入友善耕作行列，間接使全臺綠色保育耕作面積達到229公頃，較開市前提升76.1%，保育物種多達39種。切合104年在ICOM-NATHIST年會所簽署的「臺北宣言」－自然史博物館應以具體的行動保育野生動植物與自然棲地的精神。
田裡有腳印市集綠保農友奉行有機耕作，秉持與大自然和諧共存的原則，用最天然的方法生養作物，這些「綠保田」不僅生意盎然，許多保育類動物也活躍其中。然而，有機耕作成本高、產量有限，不若傳統耕作可壓低成本、大量生產，故需大眾支持，方能使其永續經營，達到經濟與生態雙贏的局面。
臺博館邀請消費者光臨市集，直接與農友對話，傳達友善環境農耕法與保育珍稀野生動物的核心概念，讓消費者了解農田裡除了人類，如果也能有其他生物的足跡，才是健康的農田生態。鼓勵市民以行動支持綠色保育，藉由買米、買菜、買茶作保育，以購買力量引導更多農友改採友善農法，創造綠色消費新風潮，也讓自然生態進而獲益。