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1908年臺灣總督府民政部殖產局附屬博物館成立,最初隸屬總督府殖產局,乃因十九世紀末至二十世紀初,全球帝國主義國家設置博物館是以展示殖民地資源為主要目的。博物館做為慶祝本島交通動脈縱貫鐵路南北全線通車儀式活動之一,展出臺灣各項產業縮影,讓來賓對臺灣的概況一目瞭然,由森丑之助負責展覽會和博物館籌劃。

博物館開館時,使用近藤十郎設計的臺灣總督府彩票局,位於今博愛路博愛大樓北側。臺灣總督府原有發行彩票,後因引起輿論反對而取消,廳舍遂由殖產局移入成為陳列展示場所。當時由彩票局局長轉任殖產局局長的宮尾舜治說:「我認為這座博物館是一所自然科學的博物館,將所有關於臺灣的動植物、礦物全蒐集起來並好好利用它們達到博物館的目的。其次是把昔日消失的歷史文物陳列出來,以此為基礎,對以後的世界學術有所貢獻。如有外國人來臺北考察,無可藉以知其產物之博物館,且無可因而識其歷史變遷之陳列所,那麼他們必以輕忽侮慢之眼看我臺北市。」1908年開館時的陳列品分為地質鑛物、植物、動物、人類器物、歷史及教育資料、農業材料、林業資料、水產物、鑛業資料、工藝品、貿易資料、其他等共十二類,大致分屬自然史、工藝產業和歷史文物三個範疇,成為本館的基礎館藏。彩票局爾後博物館遷出曾做為總督府圖書館,戰爭時遭空襲炸毀。

1906年兒玉源太郎總督和後藤新平民政長官離任,官方籌畫大興土木紀念兩人治臺功績,當時《臺灣日日新報》報導:「彼所謂紀功碑,凱旋門猶此例也。是等之建設物,凡以示戰勝之偉勳,于千秋之下,使後世之人有所觀感而興起焉。其實際也,其在法國有拿破侖者,雄長一世,執歐洲之霸權,因建凱旋門于巴里。縻歲月三十年,費金錢不知其幾百千萬。結構之壯,雕鏤之美,世界無比。……然日俄一役,(兒玉)前督實膺帷幄之任,而卒荷凱旋之光榮。本島有此光榮之(兒玉)總督,不可無有以紀念之也。且前督之趨重國事也于臺灣統治,胥賴(後藤)長官之承宣措理。則此光榮,長官實與焉,亦不可無以為紀念也。」 另有報導云:「兒玉前督後藤民政長官,治臺之功震聞中外,固不煩贅也。其統治也,自法律制度以至財政、拓殖、道路、交通、衛生、教育等,治具畢張。匪氛絕跡,瘴癘之氣收。而島民共安堵樂業,享福利被德澤,駸駸乎進文明之美域焉。」

雖是由總督府啟動紀念前總督和民政長官的建設,但也認為不宜使用公款,因此舖陳由臺灣本島仕紳發起捐款的輿論形勢。「雖由天皇陛下重念新領土之結果,歷代前後之總督長官與有功焉,然未始非由兒玉前督及後藤民政長官之勤勞九年,經營一切,咸得其宜之力也。」因此「島民感激不措,欲傳其炳燿之盛德大業,永遠以垂不朽,將為一大紀念之舉,計畫久矣。」此次趁後藤返日接任滿鐵總裁,「全島紳民參集臺北,乘此好機以該計畫審議。屢經會合中,不論內地人本島人,滿場一致,以建設一大紀念建造物可決確定。」而且「島民間推林本源家及辜顯榮諸氏為副委員長」這兩人「一則資產累千萬,一則百數十萬。皆擁有此巨資,亦願慨當以慷,力任仔肩,獨籌建設,以繼洛(指洛克菲勒)喀(指卡內基)之盛軌。」 1913年資金尚未募齊,紀念館已選擇新公園,並於1915年完成,4月18日舉行落成式,1915年5月《臺灣時報》提到當時的情形:「到會者,蹌蹌濟濟,官紳約六百餘名。」代表臺灣本島人的辜顯榮也以祝辭歌頌兒玉、後藤之功績。

紀念館工程費27萬圓,總建坪510坪(約1688平方公尺),由總督府技師野村一郎、技手荒木榮一設計,高石組高石忠慥承攬建築營造、原田金次郎承攬電燈工程,技師近藤十郎、吉良宗一擔任監造,採用歐洲博物館常見之新古典主義風格,兼具仿希臘神殿多立克柱式支撐的三角山牆與羅馬建築穹頂,整體建築平面配置座南朝北呈左右對稱「一」字形,日本時代通往臺北車站前廣場,北面道路1922年町名劃設後稱為表町通(今館前路),南面面向新公園(今二二八和平紀念公園),使博物館可收攬園內自然景觀。

中央棟全棟為鋼筋混凝土構造,左右翼為磚及鋼筋混凝土混構,屋頂為木造鋪銅板瓦。地下室地板鋪設混凝土與瀝青覆水泥粉刷為防白蟻防水、室內裝修材包括:左右翼樓一、二層為鋼筋混凝土樓板上鋪設木地板,木地板上鋪亞麻油毯,陽臺鋪設日本製地磚。中央棟一樓廣間鋪設美濃國赤坂(今岐阜縣南部)產黑大理石及水戶產白寒水石,中央為大理石馬賽克拼貼,玄關、通道等鋪設德國產地磚;二樓迴廊為臺灣產白大理石及黑板岩,休憩室為木地板上鋪亞麻油毯。壁面腰板、踢腳採用美濃赤坂產更紗大理石,扶手格子為黃銅,休憩室踢腳板、腰企口板使用櫸木。外部裝修基礎石及正面、背面中央樓梯使用安山岩,腰板以上為洗石子。

1專為儀式性紀念目的而設計的大廳,環繞著挑高的32根複合式柱(Composite Order),每根高32尺,直徑2尺7寸。採光穹頂下的鑲嵌玻璃天花離地板54尺,圖案包含兒玉家及後藤家紋「軍配団扇に五枚笹」(指揮扇與五竹葉)與「下がり藤」(藤花),也可見於柱身壁燈座兩側浮雕,由新海竹太郎製作的兒玉、後藤兩座銅像則矗立於兩側壁龕。展示空間被分配在一樓二樓左右兩翼延伸的長廳,落成時館員就已經「覺得狹窄,為此連地下室的準備室也充當陳列室」。

戰後隸屬於臺灣省行政長官公署,改制為臺灣省博物館;再隸屬於臺灣省政府,更名為臺灣省立博物館,因展示空間不足,取消南側可欣賞公園景致的陽臺,外推為可作為展覽使用的室內廊道空間。1991年至1996年,臺博館由省住都局建築處主辦修復工程,漢寶德主持的漢光建築師事務所承接調查研究及設計監造、慶仁營造承作,將日本時代木桁架屋頂拆除改為鋼構屋頂,增加第三樓層三百多坪。

2002年發生三三一大地震,由李乾朗擔任緊急應變小組召集人,辦理震害評估與補強規畫及修復工程設計。2003年起進行整修改建,包括館前廣場景觀設計拆除廣場外金屬欄杆,重整內部設備管線,拆除二、三樓間局部樓板,改造入口、服務臺、洗手間及視聽室,2005年納入文建會首都核心區博物館計畫。