為配合政府組織改造，文建會於2012年5月20日改制為文化部，本館則為文化部下三級機構，文化部的成立，象徵著我國文化多樣性的持續發展，已進入了整合與跨領域合作的階段。自2005年起，本館在行政院的協調下，由本部與交通部、財政部跨部會合作，利用臺北舊城區內外的國定古蹟臺灣總督府博物館、臺灣總督府交通局鐵道部、專賣局臺北樟腦廠，及臺北市定古蹟勸業銀行舊廈共4處古蹟，積極推動並執行「臺灣博物館系統計畫」，正充分展現了跨領域合作與學科整合的精神。經調查研究、規劃設計、施工監造到開放參觀等過程，期將閒置的古蹟建築公共化，以博物館群的群聚效應，來提升首都的臺灣文化主體意象。
